GLSurfaceViewは、そのまま使うと、背景に透明を設定してても、黒色になってしまいます。

透過にするには、この3行を追加すればOK。
getHolder().setFormat(PixelFormat.TRANSLUCENT);
setEGLConfigChooser(8,8,8,8,0,0);
setZOrderOnTop(true);

こんな感じ。

ソースコード
MainActivity.java

ソースコード一式はココ